いつものことですが，これは備忘録を兼ねた独り言です．結論から先に書き残します．
MCCで生成したプログラムは，開発するパソコンが異なるたびに，一旦消した方が無難
PICへのプログラミングでは，MPLAB Code Configuratorを使うと周辺機能の初期化や簡単な関数の生成まで行ってくれてとても便利です．私も最近はレジスタを直接設定せず，MCCを使って生成された関数をうまく使ってコーディングすることが増えてきました．その一方で，プログラムをgitに管理させているため，MCCで生成されたヘッダやコードをgitでは管理させず，一方でMCCの設定ファイルはgitに管理させ，開発するパソコンでそれぞれMCCのコードを生成しています．時にはAというパソコンでMCCの設定をしたのちにコードを生成し，MCCの設定ファイルのみgitに管理してコミット＋プッシュをし，そののちにBというパソコンでプルし，そこでMCCのコードを生成することがあります．この時，AとBとで異なるMCCの設定をしていると，コード生成時にマージをしてくれる機能があります．この機能をしっかり使えば問題ないのですが，時にはAで有効にした機能をBで無効にするような設定をした場合，Bで無効にしたにもかかわらずそのままコードが生かされ，結果としておかしなコードが出来上がってしまうことがありました．このせいで3時間くらい無駄な時間を過ごしてしまいました．基本的に，MCCで生成されるコードはマージしないほうが良いと思います．