RaspberryPIの汎用IOをJavaで制御するには，Pi4Jというライブラリを使うことが一般的のようです．ここではインストールと初期設定について述べます．インストールする方法として，オンラインでインストールする方法と，インストールするパッケージをダウンロードしたのちにオフラインでインストールする方法があります．ここではその両方を説明します．
オンラインによるインストール
こちらのインストールでは，curlというコマンドを使います．これを使えば，指定したURLからダウンロードとインストールを続けて行ってくれます．具体的には下に示すようにコマンドラインに打ち込みます．
curl -s get.pi4j.com | sudo bash
Pi4J公式ホームページによれば，上記の方法で次のことができるそうです．
- ローカルのAPTレポジトリにPi4J APTレポジトリを追加します．
- 署名の確認のため，Pi4JのGPG公開鍵をダウンロードとインストールします．
- ローカルパッケージデータベースを更新するため，Pi4J APTレポジトリで"apt-get update"コマンドを実行します．
- ダウンロードとインストールを実現するために，"apt-get install pi4j"コマンドを実行します．
この後，一般ユーザでもPi4Jを利用できるようにするための設定を行います．詳しくはこちらをご覧ください．
オフラインによるインストール
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ダウンロード
RaspberryPiへのインストールにはdebファイルを用いることとします．このファイル(pi4j-1.2.deb)は，こちらからダウンロードできます．なお，2019年11月現在，安定版のバージョンは1.2です． -
インストール
インストールには，dpkgコマンドを使います．下記のようにしてインストールを行います．
sudo dpkg -i pi4j-1.2.deb
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初期設定
初期設定として，Pi4Jのパスを通しておく必要があります．先ほど行ったインストールにより，/opt/pi4j/libディレクトリの下にライブラリが入っています．そこで，この中に入っているライブラリをjavaの外部ライブラリにシンボリックリンクします．今回，jdk-8-oracle-arm-vfp-hfltを用いているため，外部ライブラリの位置は以下のようになります．
/usr/lib/jvm/jdk-8-oracle-arm-vfp-hflt/jre/lib/ext
ここにシンボリックリンクを張るには下のようになります．
sudo ln -s /opt/pi4j/lib/pi4j-* /usr/lib/jvm/jdk-8-oracle-arm-vfp-hflt/jre/lib/ext/
これで，コンパイル時にいちいちパスを通さなくてもよくなります．
一般ユーザによるPi4Jの利用
Pi4Jの内部ではWiringPIという低レベルなIO操作用ライブラリを利用しており，このライブラリが基本的にroot権限でしか動作しないようになっています．そこで，次に示す設定を行うことで一般ユーザでもPi4JによりIOの操作を行うことができます．
まず，/usr/binの下にあるeclipseを起動するためのスクリプトを変更します．そのために
sudo vi /usr/bin/eclipse
上記スクリプトを開きましたら，2行目に次のようにして環境変数を設定します．
export WIRINGPI_GPIOMEM=1
次にGPIOピンのデバイスファイルに対し，一般ユーザでも読み書きできる権限を追加します．
sudo chmod o+rw /dev/gpiomem